盐亭县水资源总量虽有11.亿立方米，但除难于利用的以洪水方式大量流泄的8.47亿立方米，梓江过境客水外，仅有3.亿立方米。县境水资源补给主要来源于降水，全县年平均降水总量14亿立方米，地表迳流总量2.亿立方米，人均占有迳流量立方米，仅相当于四川全省人均占有迳流量立方米的16.4%。加之降水量年际变化大，月际分配不均，更影响着迳流量的稳定，丰水年与枯水年迳流量变化幅度达48%，一年中汛期迳流量占全年的70%—90%，枯水期江河往往断流。县境地下水埋藏浅，迳流短，储量有限，全县总储量为0.亿立方米，仅相当于地表迳流量的13.9%。据年统计，全县各类水利设施田，均可发展水产养殖，仅利用了50%左右，还可继续开发；另外，梓江在县城云溪镇以下具有小型船筏通航能力，可充分利用，发展短途航运。县境水能资源理论蕴藏量千瓦，可开发量千瓦，现已开发千瓦，占可开发量的37.5%，同样具有继续开发的潜力。
矿产资源盐亭县有地下矿藏石油、天然气、盐囱、膨润土、石灰石、白垩土、矿泉水、砖瓦用页岩及遍布全县的砂石建筑材料。有天然气储量亿立方米，盐卤、石灰石、白垩土等储量较大。
生物资源盐亭县境内生物资源比较丰富。虽然全县已无原生森林植被，但因适合北亚热带的耐瘠，有热带常绿阔叶林区，四川盆地及川西南山地常绿阔叶林地带，四川盆地偏湿性常绿阔叶林亚带，盆底丘陵低山植被地区，盆中方山丘陵植被小区。县境自然植被以耐瘠耐石灰性植被为主，构成柏树小乔、茅草灌丛、潮湿水生、田间杂草等4类群落。柏树小乔群落：全县均有分布，而以北部低山为多，共约30万亩；乔木以柏树为主约占90%，混生栎树、女贞、刺槐、水楂子、泡桐等，覆被率13.7%。茅草灌丛群落，系乔木遭破坏后形成，全县均有分布，共约36万亩：草类以黄茅为主占70%以上，次为蓑草及其它禾本科草类，混生黄荆、马桑等灌木。潮湿水生群落：零星分布于河滩、湿地。河滩以芭茅为主，并有桤木、杨、柳等乔木；湿地以水花生、过江草为主，间有木贼、问荆、水葫芦、水燕麦、油丝草、案板草等稻田杂草。田间杂草群落；除上述稻田杂草外，对作物影响极大的还有香附子、半夏、刺杆苗、菟丝子、铁线草等。
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